AMBER 11 на базе GPU предоставляет биологам мощные вычислительные возможности

Научные исследования в области поиска новых форм лекарств, традиционно занимающие несметное количество времени, теперь получают молниеносное ускорение благодаря программе AMBER 11, позволяющей ученым использовать вычислительную мощь своих настольных ПК.
 
AMBER 11, новая версия одного из самых популярных приложений для биохимиков и других ученых, занимающихся молекулярной динамикой, оптимизирована для работы с графическими процессорами NVIDIA®, которые обеспечивают прирост скорости вычислений до 100 раз по сравнению с традиционным сервером на базе CPU. Графические процессоры дарят производительность, которую раньше можно было достичь только на суперкомпьютерах. Теперь ученым не придется ждать своей очереди на единственный суперкомпьютер или кластер серверов факультета.
 
“На мощные вычислительные ресурсы обычно большая очередь, мы вынуждены ждать несколько дней, чтобы провести одну симуляцию. В целом для одного проекта это выливается в недели”, — сказал д-р Росс Уолкер (Ross Walker) из Вычислительного Центра Сан-Диего при Университете Калифорнии, которой внес большой вклад в развитие AMBER.
AMBER 11 использует преимущества графических процессоров серии NVIDIA Tesla™ 20, включая архитектуру параллельных вычислений CUDA™, специально созданную для ресурсоемких вычислительных приложений. В первых тестах AMBER д-р Уолкер получил более десяти отчетов о тридцатикратном приросте скорости вычислений в биомолекулярных симуляциях.
…
Д-р Уолкер отмечает, что всего один GPU Tesla обеспечивает такую же мощь, как и кластер из 512 CPU при симулировании одной наносекунды в жизненном цикле 25000-атомной нуклеосомы. В более простой симуляции растворителя, например в бенчмарке JAC, один GPU Tesla обеспечивает вычислительную мощь, эквивалентную 48 ядрам суперкомпьютера NSF Ranger.
 
“Порядок прироста производительности рождает новую науку, и работа, проделанная нами вместе с доктором Уолкером, является одним из таких прорывов”, — отмечает Эндрю Креши (Andrew Cresci), директор по вертикальному маркетингу в NVIDIA. “Вместе с AMBER 11 ученые теперь могут проверить гораздо больше теорий и провести множество различных симуляций благодаря скорости графических процессоров и, главное, доступности рабочих станций на базе GPU”.