Если с эмуляторами Android на Windows все в порядке, то вот с обратным вариантом сталкиваться не приходилось. Просто потому что, таких эмуляторов нет. По всей видимости, в скором будущем это будет исправлено, так как известная любителям Linux разработка Wine мигрирует на Android.
Wine развивается уже давно и активно. Благодаря этой программной "обертке", Windows приложения могут запускаться под Linux, Mac OS и BSD. То же самое предстоит сделать и для Android. Конечно, это не означает 100% работоспособность, чудесную совместимость и уж тем более — возможность запуск какого-нибудь FarCry3 на Galaxy S3. Но нетребовательные приложения офисной направленности должны работать. Посмотрим, получится ли из этого что-то годное к использованию.